Na Fluorescenční noci se můžete těšit na bohatý odborný program sestávající obvykle především z přednášek a exkurze. Na některých Fluonocích – především na těch, které jsou o den delší díky pololetním prázdninám či státním svátkům – se vždy snažíme do programu zařadit i nějaká praktika. Neméně důležitou součástí Fluonocí je však i čas věnovaný volnému mikroskopování, binolupování a dalšímu bádání, odborným i neodborným diskuzím, zpěvu a hraní na hudební nástroje a dalším formám společného trávení času s ostatními účastníky a organizátory Fluonoci.
Přednášky probíhají obvykle v pátek odpoledne a v neděli, někdy též v sobotu večer po návratu z exkurze. Přednášející pocházejí jak z řad organizátorů Fluorescenční noci, tak z řad studentů či vyučujících a vědců z PřF UK, dalších univerzit či vědeckých pracovišť. Záběr přednášek vychází z tématu dané Fluonoci, přičemž se snažíme zařadit vždy přednášky z různých odvětví biologie, aby byl program různorodý a každý si přišel na své. Někdy je na programu i promítání z nějaké biologicky či jinak zajímavé cesty, které bývá zařazováno obvykle v sobotu večer po návratu exkurze.
Příležitostně bývají do programu zařazována i různá laboratorní praktika. Děje se tak především v případech, kdy je možné délku trvání Fluorescenční noci prodloužit o jeden den díky existenci státního svátku navazujícího na víkend.
Většina sobotního dne bývá věnována exkurzi na nějaké biologicky cenné či zajímavé místo v Praze či okolí. V klimaticky příznivá období roku exkurze často končívají až v pozdním odpoledni či k večeru, abychom si do syta užili bující biodiverzity. Přes zimu bývají exkurze naopak spíše kratší, případně vedou do interiérů například nějakého přírodovědného muzea.
Po večerech či v pauzách mezi jednotlivými částmi odborného programu mohou zájemci mikroskopovat, binolupovat či jinak zkoumat vlastní donesené objekty či přírodniny z výstavky v praktiku 108. Vítanou zábavou je i zpěv a hraní na hudební nástroje, odborné i neodborné diskuze a další formy socializace účastníků i organizátorů. Na některých Fluonocích se můžete těšit i na nějakou hru připravenou organizátory zařazenou obvykle v předem neočekávanou dobu.
Pátek | 13:00 — 15:00 | Příchod účastníků | 15:00 | Přednáška | 16:50 | Přednáška | 18:30 | Úvodní informace a představování | 19:30 | Večeře | Večer | Volné mikroskopování a zábava |
Sobota | Ráno | Snídaně | Ráno — odpoledne | Exkurze | Večer | Večeře, někdy promítání či přednáška, volné mikroskopování a zábava |
Neděle | 8:00 | Snídaně | 9:00 | Přednáška | 10:50 | Přednáška | 12:15 | Oběd | 13:30 | Přednáška | 15:00 | Konec oficiálního programu, úklid |